Sieć Natura 2000 to forma ochrony przyrody utworzona we wszystkich krajach Unii Europejskiej, która ma łączyć skuteczną ochronę różnorodności biologicznej z utrzymaniem zrównoważonej gospodarki człowieka nie oddziałującej negatywnie na przyrodę obszaru. W jej skład wchodzą tzw. obszary siedliskowe, chroniące siedliska przyrodnicze (opisane konkretnymi zbiorowiskami roślinnymi), wybrane gatunki roślin i zwierząt (z wyjątkiem ptaków) oraz tzw. obszary ptasie chroniące wybrane gatunki ptaków. Dla prawidłowego funkcjonowania sieci konieczne jest utrzymanie lub przywrócenie właściwego stanu siedlisk przyrodniczych, wybranych gatunków roślin i zwierząt w obszarach oraz zachowanie terenów zapewniających łączność między tymi obszarami.   

W każdym obszarze wyznaczane są przedmioty ochrony, czyli siedliska i gatunki, których ochrona jest istotna z europejskiego punktu widzenia wyrażonego w unijnych dyrektywach. Ich stan jest cyklicznie monitorowany i oceniany, a jeżeli jest to konieczne prowadzone są specjalne zabiegi ochronne.

Pieniny są elementem ogólnoeuropejskiej sieci. W najatrakcyjniejszej części pienińskiego pasa skałkowego, leżącej równocześnie w granicach Pienińskiego Parku Narodowego, wyznaczono dwa obszary o wspólnej nazwie „Pieniny”: siedliskowy PLH120013 i ptasi PLB120008. Po niewielkiej korekcie przebiegu granic utworzą one wspólny obszar PLC120002 „Pieniny” o powierzchni 2336,4 ha. O wybitnych walorach tego terenu decyduje jego budowa geologiczna przejawiająca się obecnością strzelistych, wapiennych turni rozdzielonych głębokimi wąwozami, w tym słynnym Przełomem Dunajca, a także historia zmian klimatu. Skomplikowane ukształtowanie terenu i mozaika warunków siedliskowych, a także wielopokoleniowa, zgodna z rytmem przyrody działalność mieszkańców Pienin, znajduje swoje odzwierciedlenie w bogactwie i specyfice występujących tu organizmów i jest przykładem harmonii między człowiekiem a otaczającą przyrodą.

Przedmioty ochrony w obszarze siedliskowym „Pieniny” PLH120013

W obszarze siedliskowym uznano za przedmioty ochrony 14 siedlisk przyrodniczych, które łącznie zajmują około 80% powierzchni obszaru „Pieniny” i rozmieszczone są od najniżej położonych brzegów Dunajca porośniętych nadrzecznymi lasami po same szczyty zajęte przez górskie murawy naskalne. Pieniny w polskiej części Karpat najbardziej wyróżnia grupa nieleśnych siedlisk przyrodniczych związanych z południowymi ekspozycjami i podłożem wapiennym. Najczęściej są to małopowierzchniowe, często rozmieszczone mozaikowo, siedliska stanowiące łącznie tylko około 3% powierzchni obszaru, w których występuje większość gatunków sucho i ciepłolubnych. Na jednym stanowisku można tutaj spotkać zarośla jałowca na murawach wapiennych (5130) [1], murawy kserotermiczne (6210) lub nawapienne murawy wysokogórskie (6170) z unikalnymi w skali kraju gatunkami roślin, podgórskie i wyżynne rumowiska wapienne (8160) i zacienione wapienne ściany skalne (8210). Pozostałe nieleśne siedliska przyrodnicze, zajmujące około 9%, to górskie łąki kośne użytkowane ekstensywnie (6520), na których rzadko występują lokalne, powierzchniowe wysięki wód zwane młakami górskimi (7230), a na ich obrzeżach lub wzdłuż potoków ziołorośla górskie (6430). Do tej grupy siedlisk przyrodniczych należą także jaskinie nieudostępnione do zwiedzania (8310), których w obszarze „Pieniny” zlokalizowano blisko 30, będące jednocześnie cennym schronieniem dla nietoperzy.

Stan zachowania nieleśnych siedlisk przyrodniczych jest w większości przypadków uzależniony od utrzymania tradycyjnej gospodarki człowieka. W Pieninach, ze względu niewielką opłacalność prac, zaprzestano rolniczego użytkowania rozproszonych, niewielkich poletek. Zmiany zachodzące w tych siedliskach przyrodniczych (rozprzestrzenianie się bylin czyli wysokich, wieloletnich roślin, zanikanie gatunków typowych, zarastanie krzewami i drzewami, zmiana warunków siedliskowych) stały się przyczyną niekorzystnych zmian w zbiorowiskach roślinnych, a to oznacza, że konieczne jest prowadzenie aktywnej ochrony.

W grupie leśnych siedlisk przyrodniczych, które swoim zasięgiem pokrywają około 70% obszaru „Pieniny” znajdują się trzy siedliska, które wyróżniają go na tle polskich Karpat. Należą do nich ciepłolubne buczyny storczykowe (9150), jaworzyny górskie (9180) oraz reliktowe laski sosnowe (91Q0) zajmujące najczęściej eksponowane miejsca na kamienistej, wapiennej glebie. Siedliska ciepłolubnej buczyny storczykowej i reliktowych lasków sosnowych zajmują ekspozycje południowe, dlatego charakteryzują się sucho- i ciepłolubną florą i fauną. W siedlisku ciepłolubnej buczyny storczykowej zagrożenie stanowi występowanie gatunku obcego pochodzenia – niecierpka drobnokwiatowego, natomiast w reliktowych laskach sosnowych mechanicznie niszczone są korzenie drzew rosnące przy szlakach turystycznych. Na północnych, zacienionych i stromych stokach powstało siedlisko przyrodnicze jaworzyny górskiej z chronioną paprocią języcznikiem zwyczajnym. Największą część obszaru „Pieniny” zajmują żyzne buczyny (9130), które pokrywają około 40% całej powierzchni obszaru, tworząc lite drzewostany, głównie na północnych stokach Pienin. Wzdłuż brzegów Dunajca, przy wysiękach wody i w rejonie źródlisk wytworzyły się niewielkie i rozproszone fragmenty lasów wierzbowych, topolowych, olszowych i jesionowych nazywanych lasami łęgowymi (91E0). Łatwy z nurtem rzeki transport fragmentów roślin obcego pochodzenia, szczególnie rdestowców ostrokończystego i sachalińskiego, przyczynił się do ich pojawu w lasach łęgowych, stanowiąc realne zagrożenie dla rodzimej flory. Ponadto brak wezbrań Dunajca o przepływie wód uregulowanych zaporami w Niedzicy i Sromowcach Wyżnych, jako czynnika kształtującego warunki ekologiczne oraz brak wielkowymiarowego drewna wpłynął na obniżenie oceny stanu zachowania lasów łęgowych w obszarze.

Rośliny uznane za przedmioty ochrony w obszarze „Pieniny” to: mech bezlist okrywowy, i dwa gatunki roślin naczyniowych: pszonak pieniński (gatunek o znaczeniu priorytetowym dla sieci Natura 2000) oraz obuwik pospolity.

Bezlist okrywowy jest mchem rosnącym głównie na próchniejącym drewnie świerkowym lub jodłowym. Aktualnie teren Pienin stanowi jedną z dwóch głównych ostoi tego gatunku w polskiej części Karpat, gdzie stan zachowania lokalnej populacji uznano za właściwy. Dla endemicznego pszonaka pienińskiego Pieniny są jedynym miejscem jego występowania na świecie i choć obserwuje się w ostatnich latach wzrost liczby stanowisk, nie wykraczają one poza to pasmo. Na większości stanowisk obserwuje się powolne wkraczanie krzewów, których nadmierne rozrastanie może mieć negatywny wpływ na rośliny. Obuwik pospolity, który obecnie znany jest w Pieninach tylko z trzech stanowisk, to nasz najokazalszy storczyk, jednak i w jego przypadku nadmierny rozwój podszytu (warstwy krzewów w lesie) może spowodować niekorzystne zmiany w stanie populacji.

Zwierzęta będące przedmiotami ochrony w obszarze „Pieniny” to dwa gatunki bezkręgowców: krasopani hera (gatunek priorytetowy) i biegacz urozmaicony, dwa gatunki płazów: kumak górski i traszka karpacka oraz trzy gatunki ssaków: ryś, podkowiec mały i nocek duży.

Krasopani hera to motyl spotykany najczęściej na południowych stokach Pienin w miejscach występowania bujnych kwitnących ziołorośli. Aktualnie posiadane informacje o stanie populacji tylko z kilku stanowisk nie pozwalają na pełną ocenę stanu całej pienińskiej populacji tego motyla. Podobnie niepełny stan wiedzy posiadamy o chrząszczu biegaczu urozmaiconym związanym z siedliskami podmokłymi (młaki, koryta potoków). Pomimo potwierdzenia występowania tego gatunku to jednak brak szczegółowych informacji o jego populacji i stanie siedliska nie pozwala na określenie oceny ogólnej. Płazy reprezentowane są przez kumaka górskiego występującego dość pospolicie w obszarze i dużo rzadszą traszkę karpacką. W obydwu przypadkach ogólnikowe dane nie pozwalają na sformułowanie oceny ogólnej o stanie zachowania tych gatunków.

Przedmiotami ochrony w grupie ssaków są ryś oraz dwa gatunki nietoperzy: podkowiec mały i nocek duży. Dla rysia Pieniny stanowią tylko część areału występowania, dlatego dla zachowania gatunku konieczne jest utrzymanie korytarzy ekologicznych - przestrzeni umożliwiających swobodną migrację pomiędzy najbliższymi zalesionymi obszarami Natura 2000: Ostoją Popradzką i Ostoją Gorczańską. Nietoperze znajdują w obszarze „Pieniny” dogodne zimowiska (najczęściej jaskinie) oraz żerowiska.

Przedmiotami ochrony w obszarze ptasim PLB120008 są następujące gatunki: orzeł przedni, sokół wędrowny, puchacz, sóweczka, dzięcioły białogrzbiety i trójpalczasty oraz pomurnik.

Dla orła przedniego Pieniny od lat są częścią jego areału lęgowego, natomiast sokoły wędrowne znalazły tutaj dogodne miejsce do wyprowadzania lęgów i od 2003 r. są stałym elementem awifauny Pienin. Pomimo zakładania gniazd w niedostępnych miejscach zdarzają się jednak przypadki utraty lęgów spowodowane drapieżnictwem ssaków czy innych ptaków. Dla największej z krajowych sów – puchacza – Pieniny stanowią jedną z ważniejszych ostoi w Polsce. Wielkość lokalnej populacji jest szacowana na 4-6 par. Podobnie jest w przypadku najmniejszego przedstawiciela naszych sów – sóweczki, dla której Pieniny też są ważnym obszarem lęgowym – corocznie notuje się tutaj 3-4 pary. Rozpadające się drzewostany świerkowe w zachodniej części obszaru oraz starodrzewy jodłowe w terenach objętych ochroną ścisłą są miejscem żerowania dzięcioła trójpalczastego. Drugi z dzięciołów – dzięcioł białogrzbiety – preferuje drzewostany liściaste lub mieszane. Pomimo różnic w zajmowanych niszach pokarmowych, obydwa gatunki wykuwają swoje dziuple w martwych lub zamierających drzewach. Jedynym gatunkiem migrującym, który został uznany za przedmiot ochrony jest pomurnik przylatujący z Tatr w okresie jesienno-zimowym.

Stan ochrony gatunków ptaków, jako przedmiotów ochrony w programie Natura 2000 nie został jeszcze w pełni rozpoznany.