Specyfiką obszaru „Pieniny” jest niezwykłe zróżnicowanie warunków siedliskowych, co przekłada się na mozaikę siedlisk przyrodniczych. Celem przedsięwzięcia jest zachowanie, bądź poprawa stanu zachowania gatunków i siedlisk przyrodniczych w obszarze „Pieniny” poprzez zróżnicowane działania ochronne. Duża część gruntów na obszarze „Pieniny” nie jest własnością Skarbu Państwa, lecz należy do innych właścicieli. Prowadzenie działań ochronnych na gruntach obcych własności jest utrudnione i dlatego jednym z głównych celów projektu jest wykup gruntów przez PPN. Dużym zagrożeniem dla cennych siedlisk występujących na tym obszarze jest niekontrolowana turystyka. W ramach projektu zaplanowano ograniczenie tego negatywnego wpływu. W efekcie prowadzenia przez setki lat tradycyjnej i zrównoważonej gospodarki rolnej wykształciły się tu bogate, a często unikatowe zbiorowiska nieleśne: górskie łąki konietlicowe Polygono-Trisetion i górskie łąki świeże Arrhenatherion elatioris oraz  murawy kserotermiczne Festuco-Brometea. Największym zagrożeniem dla muraw jest ich ocienianie przez drzewa. Gatunkiem związanym z murawami jest pszonak pieniński Erysimum pieninicum, endemit który najlepiej czuje się w mozaikowym układzie muraw i zarośli. Zachowanie łąk możliwe jest tylko przy zachowaniu ekstensywnego użytkowania kośnego. Celem projektu jest czynna ochrona cennych siedlisk nieleśnych i gatunków z nimi związanych poprzez koszenie, usuwanie pojedynczych drzew oraz wycinanie krzewów. Obce gatunki inwazyjne takie jak rdestowiec sachaliński Reynoutria sachalinensis i ostrokończysty R. japonica stwarzają poważne zagrożenie dla gatunków rodzimych występujących na obszarze objętym projektem. Eliminacja tego zagrożenia jest także jednym z celów projektu. Celem projektu jest także ochrona miejsc rozrodu płazów.  Projekt ma na celu uzyskanie akceptacji społeczeństwa dla działań ochronnych PPN poprzez atrakcyjne formy informacji o obszarze chronionym.